国家微生物资源平台(national infrastructure of microbial resources, nimr) 于2011年11月由科技部、财政部认定通过，是首批认定的23个国家科技基础条件平台之一。国家微生物资源平台是国家创新体系的重要组成部分，是服务于全社会科技进步与技术创新的基础支撑体系之一，是实施微生物资源全面整理整合与高效共享，为从事微生物工作的企、事业单位或个人提供服务的开放性、非盈利性平台。
平台以9个国家级微生物资源保藏机构为核心，整合我国农业、林业、医学、药用、工业、兽医、海洋、基础研究、教学实验等9大领域的微生物菌种资源，涵盖古菌、细菌、真菌、原生生物类（病毒、类病毒、朊病毒等）等。2015年度，平台微生物资源总量达到198162株，对外共享实物67454株次，对外提供鉴定检测服务960株次，保藏服务1444株，服务的技术项目8783项次。共计为高等院校、科研院所、军事国防部门、企业及医疗机构等8692家单位提供了实物资源共享及技术服务。其中包括企业5016个，高等院校1999所，科研院所1234个，政府部门173个，军事国防部门26个，个人215个以及其他27个。
平台利用其资源优势，积极支持国家重大科技专项。包括g-耐药菌新药的发现与研发（2014zx09507009）、非达霉素原料及制剂的研发质量研究（2014zx09201001-003-002）、去甲基万古霉素工程菌的构建（2014zx09201001-004-001）、抗耐药结核候选药物imb-yh-8的成药性研究（2014zx09201001-011））等新药创制重大专项；流域农业面源污染防控整装技术与清洁农业流域示范（2015zx07103-007-051）等水体污染控制与治理重大专项；以及转基因重大专项（2013zx08004004_006）等。
平台自运行以来，在生防资源利用、极地和深海极端环境微生物资源挖掘、开发我国自主知识产权新药、布鲁氏菌病防控、保障我国食品安全法规顺利实施、微生物科普等领域均产生了极大的社会效益。平台开发的食品微生物标准菌株已基本覆盖全国肉制品、水产品、粮食制品、豆制品、果蔬制品、饮料、调味品、包装饮用水等食品领域，保障了我国食品安全法规的顺利实施。根据布鲁氏菌病国家防控计划，平台开展了“动物布鲁氏菌病综合防控技术服务与培训”。从布鲁氏菌病疫苗的临床使用、疫病监测、实验室诊断技术等多方面着手，以省级动物疫病防控人员和基层兽医人员为服务对象，并以大型奶牛公司-伊利集团、现代奶业集团为试点，全方位开展技术培训及跟踪服务，提高基层防疫人员的技术水平，切实做好布鲁氏菌病的防控工作。
微生物资源作为自然科技资源的重要组成部分，在国家创新驱动战略中正发挥着日益重要的作用。国家微生物资源平台积极贯彻科技部、财政部“整合、共享、完善、提高”的方针，突出“以用为主、开放共享”，切实提高服务质量和数量，不断提升开放能力和创新支撑能力，积极服务于社会发展和科技进步。