企业多、各企业产能低形成的当前化肥农药行业分散的过剩，是当前对资源更大的浪费。其中不符合当前国家重点支持方向的企业，将会被淘汰出局。中国氮肥工业协会副理事长刘淑兰近日表示，“十二五”化肥产业重要的工作就是结构调整。中国磷肥工业协会也提出，磷肥工业已经进入了一个新的发展和调整时期，部分品种已经出现了产能过剩，并还有新一轮投资过热的可能，2010年将通过提高环保标准、能耗标准实现去产能化，鼓励、扶持水平先进、“三废”排放少、能耗低的技术和企业，淘汰落后产能。
《石油和化工产业振兴支撑技术指导意见》明确提出，化肥领域的支撑技术主要集中在节能减排、提高化学矿利用率方面，农药工业的重点在于推广先进的清洁生产技术，主攻自主创制。
当前化肥农药行业应重视解决的重要问题为：
一是产能趋于过剩，投资过热现象值得注意。
自2005年以来，由于需求拉动，尿素等氮肥产品产能快速增加。五年间累计新增尿素产能1700多万吨。2009年尿素总产能已达到6500万吨，目前仍有在建和规划建设的尿素产能约1000万吨。磷肥总产能约2000万吨，产能过剩约五分之一以上，但一些地方仍有一批新项目在建。这种现象，需引起各地行业主管部门的高度重视。采取有力措施，控制盲目新增氮肥、磷肥生产能力应成为今后一段时间工作的重点。
二是产业集中度低，调整结构任务艰巨。
中国合成氨前十家企业产能集中度为13.3%（发达国家约为80%）。中国合成氨生产企业有465家，平均产量11万吨，其中8万吨以下的有200家左右，甚至还有2万～3万吨污染大、得率低、能耗高的碳酸氢铵装置在生产。中国有磷酸装置的企业130多家，平均规模11万吨；有生产许可证的复混肥企业4350家（准入门槛仅为2万吨）。
总体上看，中国化肥行业小企业多、布局散、装置落后、能耗高、污染重的特征比较明显，结构调整的任务十分繁重。
三是钾资源对外依存度较高。
中国是钾肥消费量最大的国家，每年消费约800万吨钾肥（占世界钾肥消费量的20%），目前约50%左右需进口。预计随着2011年罗布泊年产170万吨钾盐建设项目的投产，中国钾肥自给率将会明显提高。下一步应进一步加大青海柴达木盐湖钾矿资源的开发利用。
四是假劣农资案件时有发生，安全隐患不容忽视。
目前，一些地方仍出现假化肥、假农药案件，以次充好、坑农害农现象时有发生。水果、蔬菜等农作物上也不时发现禁用高毒农药残留，违法、非法无证生产农药的现象依然存在。最近发生的海南毒豇豆事件，也反映出有关部门需进一步加强对高毒农药的使用辅导，做好农产品和食品的安全监督检查。
2010年以来，随着国际市场逐步回暖，加之国家农业增产政策的实施，有力促进了化肥、农药的市场需求增加。预计全年尿素产量3220万吨，增长9.7%（其中出口230万吨）；磷肥产量1550万吨，增长4.75%；钾肥产量约400万吨，增长9.4%。预计2010年农药总产量将达230万～240万吨，主要品种可满足农业生产的需要。