农药工业始终是化学工业发展的战略重点之一，我国目前已经形成了包括科研开发、农药原药生产和制剂加工、原材料及中间体配套等较为完整的农药工业体系，除了满足国内农业发展的需要外，还能大量出口创汇。农药作为精细化学品，在生产的过程中不可避免地会产生“三废”。今后农药工业的重点在于推广先进的清洁生产技术，通过工艺创新减少副产物，通过回收利用降低“三废”。在纳入石油和化学工业振兴产业支撑技术的58项推广类技术中，共有4项农药领域的清洁生产先进技术。
一是百草枯氰氨法清洁生产工艺。该工艺以吡啶为主要原料，经烷基化-聚合-氧化合成百草枯，其工艺条件温和，单元操作简单，反应过程安全，反应总收率（以阳离子计）达90％以上，百草枯含量38%~42％（以阳离子计），“三废”排放减少80%以上，且排放的废水、废渣经热氧化处理，可有效地破坏其中的氰化物和有机副产物，整体降低了对环境的影响，节能减排效果显著。
二是乙草胺甲叉法生产新工艺。该工艺采用低毒性的非芳烃作溶剂，在新型催化剂和稳定剂条件下，提高转化率、消除杂质颜色，产品含量达97%，收率达92%；避免了传统氯甲基乙醚路线中大量的高含盐、高cod废水以及高含量氯化氢废气的生成，避免了致癌致畸物氯甲基乙醚的生产和使用，提高了资源利用率，减排97%以上。作为共性创新技术，甲叉法新工艺在丁草胺和异丙甲草胺等氯乙酰胺类除草剂生产中具有良好的推广前景。
三是乙基氯化物清洁生产工艺。该工艺以五硫化二磷和乙醇为起始原料，在无溶剂和无水条件下，经酯化、氯化、过滤和蒸馏等步骤合成目标产品。利用该技术路线的原子利用率比普通生产工艺提高14.7%~23.1%，显著降低了材料单耗；从源头上杜绝了工艺废水的产生，副产物硫黄得到回收和利用；总收率达90%，产品纯度大于99%，每吨产品降低生产成本20%。
四是高分子羧酸盐农药分散剂系列产品应用技术。该类分散剂在静电排斥、溶剂化链和空间立体吸附共同作用下，能够实现多点吸附，具有高效、高性能、低残留、无污染、用途广泛等特点。该产品的应用可降低相关农药产品的生产成本，已在吡虫啉、甲维盐、噻虫嗪、苯醚甲环唑和溴虫腈等wdg、sc环保型农药产品中推广使用，大大促进了我国农药剂型由乳油、可湿粉等污染严重的剂型向水基化、固体化、颗粒化环保、高效的方向发展。
虽然我国农药工业取得长足的进步，但还存在新农药创制及产业化工作薄弱，产品结构老化问题。为此，《石油和化工产业振兴支撑技术指导意见》中将新农药创制技术和水基化、固体化、绿色环保型农药制剂产业化技术两个项目列入72项开发类技术之中，以期持续开发具有自主知识产权的农药创制品种，重点开发突发性重大病虫害防治技术和新品种农药；开发环境相容性好、使用方便的悬浮剂、水乳剂、微乳剂、水分散粒剂和微胶囊剂等新型制剂。